MKVMergue yo lo uso para pulirme pistas de audio, subtítulos o capítulos dentro del archivo.
Yo para eso mismo y para lo que pregunta miguelmaj.
Solo hay que borrar el "Título de archivo/segmento" en la pestaña de opciones generales (o poner el que quieras). Con eso al reproducirlo con vlc ya te sale el nuevo nombre o el del archivo si lo dejas en blanco.